Вам нужен установленный пакет GNU autoconf для того, чтобы сгенерировать конфигурационный скрипт из configure.in. После получения исходников с CVS сервера просто запустите ./buildconf в директории верхнего уровня. (Также, если вы запускаете configure без опции --enable-maintainer-mode, то конфигурационный скрипт не будет перестроен автоматически при изменении файла configure.in, поэтому вам необходимо делать это вручную, когда вы заметите, что configure.in изменился. Один из симптомов - появление таких вещей как @VARIABLE@ в вашем Makefile после выполнения configure или config.status)